Les vestiges, les plus anciens de ce village datent de la préhistoire, du pour être plus exact et furent trouvés dans les grottes Txotxinkoba et Jentilkoba. Les deux grottes étaient utilisès pour les enterrements, en accord avec les traditions de l´époque, ils enterraient les morts en groupe.
De toutes manières, il n´existe aucun document écrit jusqu´au . Selon indique Iturriza, dans son œuvre intitulé "Histoire de Vizcaya", ce lieu était connu comme Ibaibaso. Il fut changé de nom au dizième siècle, puis dans les luttes soutenues contre les Français - toujours selon Iturriza- le village reçu le nom de Gizaburuaga ce qui signifie "l´homme sans tête".
Les gens ne résidèrent pas dans cette zone de manière permanente mais jusqu´aux dizième et onzième siècle, ce ne fut qu´après, lorsque les prédominèrent, qu´ils se regroupèrent en plusieurs zones et qu´ils fixèrent leur résidence permanente.
Par conséquent, les premières données spécifique sont de 1325. Jusqu´alors, on suppose qu´il était sous le patrimoine féodal de Lekeitio; peu à peu, il et progressa économiquement, jusqu´à ce que les intentions d´indépendance se firent ressentir; ce désir d´indépendance provoqua une transformation une soumition de l´églises de Lekeitio, pendant le Bas Moyen Age, puis elle serait nommée avant église durant le Haut moyen Age. Aux environs du quinzième siècle, en 1454.
La première demande de scission, de l´église de Notre Dame date de 1454, les habitants de Gizaburuaga la remirent au Pape. Ils n´eurent pas un jugement positif de l´archevêque. En fait, ceux-ci obtenaient un grand bénéfice économique dû à son rapport de supériorité sur Gizaburuaga et ils ne voulaient pas perdre ces avantages.
Les habitants n´étaient pas d´accord avec le jugement émis et commencèrent à travailler de leur coté jusqu´à ce qu´en 1460 furent excommuniés.
Après maintes discussions, la Bulle de leur donna l´indépendance, ainsi qu´au village d´Amoroto. Cette Bulle leur donna les droits pour soigner les âmes, pour avoir ses propres prêtres, célébrer des enterrements et lorsqu´on procéda au, on obligea au Conseil Municipal de Lekeitio à nommer un abbé pour Gizaburuaga.
Les premiers politiques sont de cette époque. On peut affirmer, que la sociétéé de cette époque vivait dans une . On obéissait à un système ecclésiastique et d´impôts; dans les positions dominantes de la société se trouvaient les nobles, qui dominaient aussi durant l´Ancien Régime. Dans le cas du village de Gizaburuaga, les plus puissants étaient les Bengolea qui, au , deveint la famille Villareal de Berriz par le mariage.