Les premiers documents datent du , à l´époque Mendexa devint une avant église. Il n´y a pas de traces antérieures. En tout cas, il est bien connu que dans les environs habitaient des gens depuis .
Il semble que durant le Moyen âge ils existaient des groupes de noblesse. Sa principale activité économique étaitet l´emplacement n´était pas encore définitif. La présence des romains était réduite jusqu´aux . Après, lorsque les habitants s´éloignèrent du centre urbain et l´agriculture s´étendit par la zone, ils commencèrent à s´installer.
A Mendexa on peut trouver un patrimoine du treizième siècle, par exemple la sculpture romane de. On sait déjà qu´à l´époque les habitants de la zone s´étaient installés et se dédiaient à plusieurs activités. En fait, la chrétieneté était très implantée comme nous montre les images de San Millán, San Bartolomé ou San José.
D´après les données qui sont apparu, Mendexa était soumise à la Basilique de Notre Dame de Lekeitio. Les habitants se plaignaient à de ne pas avoir un abbé et le seigneur, voyant qu´il y avait des gens groupés qui faisaient face aux institutions du synode, ordonna, le quatre novembre de 1545 au Conseil Municipal de Lekeitio, la transformer en paroisse. À Lekeitio ils n´étaient pas d´accord et s´adressèrent au Pape, mais celui-ci jugea en faveur de Mendexa, qui gagna ce combat.
D´une part, le croisement démographique; avant l´existence des pétitions pour demander la séparation de Lekeitio, la population de Mendexa augmenta.
D´autre part, l´agriculture emmena une , puisqu´ils avaient la capacité d´entretenir l´abbé et maintenir la paroisse.
En dernier, le christianisme s´implanta complètement et pour cela les habitants devaient être bien installés.
Lorsqu´il eu lieu la séparation de Lekeitio, la société vivait dans une hiérarchie féodale et suivaient un système d´impôts et un système clérical. Dans la marche se trouvaient les nobles et des familles de lignage. Dans le cas du village de Mendexa, la famille Mendexa et la famille Likona. Les deux familles se formèrent aux neuvième et dixième siècles lors de leur participation dans la bataille entre les "banderizos".
Dans le Conseil Principal de Gernika occupait la et avait droit de vote. Depuis le Moyen âge jusqu´à presque aujourd´hui, les piliers de l´économie de Mendexa étaient l´élevage et l´agriculture.