Los primeros documentos datan del, de cuando Mendexa se convirtió en anteiglesia. No hay datos anteriores. De todas maneras es bien sabido que estos alrededores ha sido habitados desde .
Parece ser que durante la Edad Media existieron grupos tribales. Su principal actividad económica fue pero todavía no llegaron a establecerse definitivamente. Hasta los siglos X-XI la presencia de fue escasa. Posteriormente, tras extenderse la agricultura por la zona y alejarse los habitantes del centro urbano, fue cuando empezaron a asentarse definitivamente.
En Mendexa podemos encontrar patrimonio del siglo XIII, por ejemplo la escultura románica de . Ya sabemos que para entonces los habitantes de la zona se habían asentado y se dedicaban a alguna actividad. De hecho la cristiandad estaba muy arraigada, tal y como lo demuestran las imágenes de San Millán, San Bartolomé o San José.
De acuerdo con los datos que han aparecido, Mendexa estaba bajo el dominio de la Basílica de Nuestra Señora de Lekeitio. Los habitantes se quejaban al de no tener un sacerdote, y el señor, viendo que se reunía gente suficiente, haciendo frente a las instituciones del sínodo, el 4 de noviembre de 1545 ordenó al Consejo Municipal de Lekeitio que fuera convertida en parroquia. En Lekeitio no estuvieron de acuerdo y acudieron al Papa, pero éste falló en favor de Mendexa, resultando vencedora en el litigio entablado.
Por una parte, el crecimiento demográfico. La población de Mendexa se había incrementado antes de solicitar a Lekeitio la separación.
En segundo lugar, supuso una mejoría notable para la economía. Eran capaces de mantener a un sacerdote y a su parroquia.
Por último, el cristianismo había arraigado por completo, para lo cual los habitantes debían estar realmente afincados.
Cuando se separó de Lekeitio, la sociedad vivía en una jerarquía feudal y seguían un sistema de impuestos y un sistema clerical. En el escalón más alto de la sociedad se encontraban y las familias de linaje. En el caso del pueblo de Mendexa, la familia Mendexa y la familia Likona. Las dos familias se crearon en los siglos IX-X al participar en la batalla entre los banderizos.
En el Consejo Principal de Gernika ocupaba el y tenía derecho a voto. Desde la Edad Media hasta casi la actualidad, los pilares de la economía de Mendexa han sido la ganadería y la agricultura.